المحطة الثالثة: البازيليكا القبطية

بعد توقف عبادة الآلهة المصرية القديمة، وهيمنة المسيحية بصفتها الديانة السائدة، أصبح المعبد جزءاً من دير للراهبات.

بنيت كنيسته أمام المعبد، متعامدة مع المحور الرئيسي للمعبد، وهو الأمر الذي كان له إشارة قوية ضد الدين القديم. المبنى عبارة عن بازيليكا من ثلاثة محاور ، مشيدة من الطوب اللبن والمحروق ، بها أعمدة ولها مدخلين في الغرب على مستوى أعلى . تحت سلالم المدخل الشمالي هناك كتلة كبيرة مميزة من حجر الجرانوديوريت، مجموعة متنوعة منها مماثلة لأجزاء من حجرة قدس الأقداس الرئيسية بالمعبد (حجرة D3 )، وبما أنه من المحتمل أن تكون هذه الكتلة جزء من  مقصورة لتمثال المعبود، يمكن اعتبار ذلك خطوة أخرى ضد الديانة الوثنية. أما عن شرقية البازيليكا فهي مدمرة تماماً.

توقف نشاط الكنيسة في العصور الوسطى، ربما في القرنين التاسع والعاشر، واستخدمت بشكل مختلف تماما، على سبيل المثال تم بناء فرن مستدير لإنتاج الخبز على أحد الأعمدة  وأودعت أواني تخزين في الزاوية.